M.palermo

Palermo debutó en Primera División a los 19 años, el 5 de julio de 1992 en el empate sin goles entre San Lorenzo y Estudiantes. Sin embargo, le costó mucho asentarse en el primer equipo; muestra de ello es que recién pudo convertir el primer tanto de su carrera el 22 de mayo de 1993 a los 20 minutos del encuentro que finalizó en victoria (3-0) del club platense frente a San Martín de Tucumán.

El equipo tucumano volvería a cruzarse en su camino poco tiempo después. Con Estudiantes recién ascendido, en 1995, Palermo no figuraba en los planes del director técnico Miguel Ángel Russo y aceptó irse cedido a préstamo a San Martín de Tucumán para jugar en el Nacional B. Pero una diferencia económica entre los clubes frustró el pase y Palermo se quedó en Estudiantes

Tras el conflicto, el cuerpo técnico presentó su renuncia y asumió Daniel Córdoba. Palermo tuvo su oportunidad y no la desaprovechó. En menos de un año se convirtió en figura y goleador del equipo, con actuaciones destacadas y goles frente a los grandes del fútbol argentino.

En su paso por Estudiantes, Palermo disputó 90 partidos de Primera División, marcando 34 goles.

A mediados de 1997 Boca Juniors se interesó por su pase. Fue así que llegó al Club de la Ribera junto con los hermanos Barros Schelotto. Los tres habían sido pedidos insistentemente por Diego Armando Maradona, que jugaba sus últimos partidos antes de retirarse del fútbol profesional en octubre de ese año.

Palermo se hizo prontamente con un puesto en el equipo titular aunque sus primeras actuaciones no fueron convincentes. Pero con el correr del Torneo Apertura de 1997 hizo valer su potencia goleadora y contribuyó al subcampeonato logrado por Boca

En 1998, con la llegada de Carlos Bianchi a la dirección técnica del Xeneize, formó una efectiva dupla con Guillermo Barros Schelotto que contribuyó decisivamente a la obtención del Torneo Apertura. En ese campeonato Palermo se consagró goleador con 20 goles, récord en torneos cortos. En 1999 Boca repitió el título en el Clausura.

En medio de la disputa del Torneo Apertura de ese mismo año Boca visitó a Colón de Santa Fe y Palermo sufrió la rotura de ligamentos cruzados de la rodilla derecha. Su gol en aquel partido, que marcó ya lesionado, fue su tanto número 100 en Primera División. La recuperación demandó más de seis meses y su vuelta se produjo en un importante encuentro por la vuelta de los cuartos de final de la Copa Libertadores de América del año 2000. El rival de Boca era River Plate y Palermo, que aún no había recuperado su mejor forma física, marcó el definitivo 3-0 sobre el final del encuentro, disputado en la Bombonera

Si bien su participación en la Copa Libertadores que Boca logró en 2000 fue escasa, su concurso fue decisivo para la obtención de la Copa Intercontinental de ese mismo año. Ese día Palermo marcó dos goles en los primeros minutos del encuentro que Boca le ganó a Real Madrid 2-1, lo que le valió el premio al mejor jugador de la final. A la vuelta de Japón, Palermo contribuyó con otro gol a la consagración de Boca como ganador del Torneo Apertura.

A mediados de 2004 Palermo regresó a la Argentina para jugar en Boca Juniors. Pese a una expulsión en su primer partido (frente a Lanús) volvió a contar con un puesto como titular y a hacerse presente en las redes rivales. El equipo fracasó en el Apertura pero obtuvo la Copa Sudamericana. El primer semestre de 2005 no fue positivo para el equipo ni para Palermo, que vio peligrar su puesto durante la conducción de Jorge Chino Benítez, pero con la llegada de Alfio Basile, el Loco volvió a ser inamovible y Boca se quedó con todas las competencias que disputó en la temporada 2005-2006. Pese a haber superado los 30 años y dar ventajas en lo físico, Palermo siguió marcando goles y se convirtió en uno de los principales goleadores de la historia del club.

El 24 de agosto de 2008, en un partido contra el Club Atlético Lanús por el Torneo Apertura 2008, Martín Palermo vuelve a romperse los ligamentos interno y cruzado de la rodilla derecha (la misma que se había lesionado en 1999) en una jugada desafortunada. Una vez recuperado volvió a jugar en febrero de 2009 por la tercera fecha del fútbol argentino frente a Newell´s Old Boys. El 1 de marzo de 2009, convierte su gol 195 ante Huracán, por el Torneo Clausura 2009 (Argentina), superando a Francisco Varallo como máximo goleador boquense en el profesionalismo